Մհեր Մկրտչյանը Հայֆիլմում հաջողությամբ մարմնավորում էր դրամատիկական կերպարներ, մինչդեռ դրսի կինոստուդիաները նրան հրավիրում էին բացառապես կատակերգական դերերի համար։ Նա նկարահանվեց «Կովկասի գերուհին», «Միմինո» ժապավեններում, որոնցում խաղացված դերակատարումները գնահատվեցին պետական բարձր պարգեւներով։ 
«Ֆրունզիկ Մկրտչյանն իմ հուշերում մնացել է այնպիսին, ինչպիսին ինքը եղել է միշտ. բարի, տաղանդավոր, հումորով և տխուր մարդ-արվեստագետ», -ԳԱԼԱ-ի հետ զրույցում մեծ արտիստի ծննդյան օրը հիշելով եղբորը՝ նման կարծիք հայտնեց ռեժիսոր Ալբերտ Մկրտչյանը:
Фрунзик Мкртчян с женой Тамарой
Фрунзе показывал жену именитым специалистам, но те помочь не могли. Жена начала жутко ревновать Мкртчяна, ей мерещилось, что у него везде любовницы, и уезжает он не на гастроли, а из семьи. Личная жизнь актёра превратилась в ад. Эти проблемы в какой-то момент отразились и на карьере актера – у него был крупный перерыв в значимых ролях и крупных проектах.
Состояние Донары постепенно ухудшалось. Мкртчяну пришлось согласиться на госпитализацию жены в психиатрическую лечебницу во Франции без права выхода оттуда. Мкртчян остался один с двумя детьми. Вскоре дочь уехала в Аргентину, а у сына врачи обнаружили то же заболевание, что и у матери. Все усилия Мкртчяна вылечить Вазгена оказались напрасными. Сын был госпитализирован в ту же клинику, что и его мать. Говорили, что они, встречаясь в коридоре, ни разу не узнали друг друга.
Фрунзе Мкртчян с сыном Вазгеном
В третий раз. его супругой стала дочь председателя Союза писателей Армении Тамара Оганесян, но этот брак вскоре распался. Именно в этот период артист, по данным прессы, начал злоупотреблять спиртным. Ушёл сначала из кино, а потом и из театра.
Болезни самых близких людей и крупные проблемы на работе подкосили артиста. Алкоголь, к которому, по слухам, актер обратился за утешением, вероятнее всего, и стал причиной смерти Фрунзика Мкртчяна. Из-за алкоголя у актера уже случилась одна клиническая смерть, но врачи сумели вытащить его с того света.
Позже его брат Альберт Мкртчян вспоминал, что телефон Фрунзика был сломан, с него можно только звонить, а принимать звонки – нет, но какое-то нехорошее предчувствие не давало брату успокоиться. Когда Альберт пришел проверить брата, то нашел его мертвым.Фрунзика Мкртчяна не стало 29 декабря 1993 года, когда ему исполнилось 63 года. Официальной причиной смерти был назван инфаркт. Это была настоящая трагедия, многие верили, что актер мог бы сыграть еще множество звездных ролей. На похороны любимого артиста 31 декабря, несмотря на праздничный день, собрался весь Ереван, тысячи людей шли за гробом артиста до могилы в Пантеоне гениев армянского духа в Ереване. Горевали о любимом артисте не только в Армении, но и во всём бывшем Союзе. Он и правда был всенародно любим.
Сейчас актеру посвящено в общей сложности пять памятников – четыре из них в составе композиций по культовым фильмам с участием Фрунзика Мкртчяна, и один личный. В Гюмри, на малой родине Мкртчяна, открыт музей его имени. В 2006 году в Армении была выпущена посвященная актеру почтовая марка.
